IUMS có ba bộ môn:[1][5]

• Vi khuẩn (Bacteriology) và vi sinh học (Microbiology) ứng dụng (BAM)
• Khuẩn học (Mycology)
• Virus học (Virology)

Các bộ môn có tổ chức cán bộ và mục tiêu riêng. Mỗi bộ môn chịu trách nhiệm về việc tổ chức Hội nghị quốc tế của mình. Họ làm việc cùng nhau hướng tới mục tiêu đẩy mạnh các nghiên cứu và truyền thông trên toàn cầu về vi sinh học. Ngoài ba bộ môn, IUMS cũng tiến hành các hoạt động khoa học thông qua những điều sau đây:

• Ủy ban quốc tế chuyên khoa (6)
• Ủy nhiệm quốc tế (8)
• Liên đoàn quốc tế (2).